Para el equipo de investigación Innova es importante el apartado de doctorado, pues es el que ayuda a formar a los nuevos investigadores y es el vivero de las personas que pueden llegar a formar parte de equipos de investigación.
La participación de algunos miembros del equipo innova en programas de doctorado van más allá de la propia Universidad de Deusto, y más en concreto, en los siguientes:
- Innovación educativa y aprendizaje a lo largo de la vida (Doctorado en Psicología y Educación, de la Universidad de Deusto)
- Doctorado en Ciencias Sociales (Universidad de Deusto)
- Doctorado en Ciencias Humanas y Sociales (Universidad Pontificia de Salamanca)
- Doctorado en Educación (Universidad Autónoma de Barcelona)
- Doctorado en Educación Superior (Universidad de Palermo, Argentina)